L'Empereur consolide son emprise sur Terra et déclare formellement la victoire des Guerres d'Unification, mettant fin à des siècles de conflit. Il fait intensifier l'application de l'idéologie rationaliste d'État, la Vérité Impériale, sur toute la planète.

Conscient qu'une guerre contre les techno-cultes de Mars serait aussi longue que coûteuse, l'Empereur noue une alliance avec eux. En échange de la fourniture d'une grande flotte de guerre, d'armes et de machines pour ses Légions, il accorde au Mechanicum une autonomie sans égale en tant qu'État-client de l'Imperium, et lui permet de pratiquer sa foi en l'Omnimessie.

Le chef-d'œuvre de génie génétique de l'Empereur arrive à terme, conjuguant une science avancée et des secrets surnaturels pour créer 20 enfants surhumains, les généraux parfaits pour ses Legiones Astartes. Ces primarques ne le cèdent en puissance et en habileté qu'à l'Empereur lui-même, mais peu avant l'aboutissement du projet, une catastrophe subite disperse leurs incubateurs à travers la galaxie.

À présent que les confins du Système Sol sont sous contrôle impérial, l'Empereur et ses Légions entreprennent la Grande Croisade. Les premières flottes Explorator quittent le système pour conquérir les secteurs voisins, et sont porteuses des espérances de l'humanité.

Après des décennies de controverse relative aux dangers des pouvoirs psychiques, L'Empereur préside un grand concile pour juger de leur place dans l'Imperium. Il prononce un édit qui en interdit l'usage au personnel militaire de la Grande Croisade, à l'exception des Astropathes et Navigators indispensables au voyage dans le warp.

Alors qu'il réprime un soulèvement, Horus est blessé à mort par une lame souillée. Ses hommes l'amènent à la Loge du Serpent sur Davin, où il conclut un pacte avec les puissances obscures lors d'un sinistre rituel de guérison. Le Maître de Guerre ressort guéri de la loge, mais il recèle désormais en lui les germes de la corruption.

Leman Russ est dépêché pour procéder à l'arrestation de son frère primarque Magnus le Rouge, qui a enfreint l'Édit de Nikaea. Horus altère ses ordres, de sorte que le Loup déchaîne son courroux sur Prospero, le monde de Magnus. Les Thousand Sons se retrouvent au bord de l'extinction, avant qu'une faille dans la réalité les emporte dans le warp en compagnie de leur primarque.

Apprenant la forfaiture d’Horus au moyen d'une sorcellerie prohibée, Magnus tente d'avertir l'Empereur par une projection psychique. Ce faisant, il rompt les protections qui ceignent le Grand Œuvre, lequel est un accès donnant sur le réseau extradimensionnel qu'on appelle la Toile. Des démons déferlent dans la Toile, imposant à la Legio Custodes et aux Sœurs du Silence une décennie de guerre pour protéger le cœur même de Terra.

Perçu par le Maître de Guerre comme un rival majeur, le Primarque Sanguinius et sa Légion sont envoyés dans le Système Signus aux confins de l’Imperium oriental. Ils y découvrent des mondes impériaux dépouillés de toute vie. Piégés sur Signus Primus, les Blood Angels sont assaillis par une horde de démons et subissent des pertes affreuses jusqu'à ce que leur primarque vainque le meurtrier Ka’bandha en combat singulier.

Le Maître de Guerre révèle sa duplicité sur Isstvan III, en éliminant les fidèles à l'Empereur des Légions alliées, et même de la sienne, à l'aide d'un bombardement viral apocalyptique. Malgré ses efforts, une poignée de rescapés organisent une résistance désespérée, et la frégate Eisenstein s'échappe pour prévenir l'Imperium.

Accaparés pendant cinq ans par la lutte contre les Orks sur la bordure galactique, les White Scars dévoilent le rôle de l'Alpha Legion dans leurs malheurs. Pour des raisons obscures, l'Alpha Legion lève son blocus, ce qui permet à Jaghatai Khan d'apprendre la trahison d’Horus. Les White Scars rallient Terra au plus vite, en écrasant toutes les forces renégates sur leur route.

Les Imperial Fists isolent Cthonia, le monde des Sons of Horus, mais les félons sont trop bien retranchés pour être extirpés. La VIIᵉ Légion maintient son occupation pendant des années pour empêcher toute sortie, jusqu'à ce qu'une force d'intervention des Sons of Horus lève le siège et renverse la situation en défaveur des fils de Dorn.

Rogal Dorn envoie vers Isstvan V une grande Flotte de Représailles réunissant sept Légions, pour traduire Horus en justice. Après des heures de combat éprouvant, les trois Légions loyalistes de la flotte sont trahies par leurs ex-camarades et massacrées dans la Dépression d'Urgall. Ferrus Manus, Primarque des Iron Hands, est tué en combat singulier contre Fulgrim, tandis que Corax s'échappe et que Vulkan est présumé mort.

L'Alpha Legion s'empare d'un axe spatial vital, mais tombe par pure malchance sur une compagnie d'Iron Warriors loyalistes qu'elle doit affronter âprement. La région change de mains à de nombreuses reprises en l'espace de cinq ans, après quoi le monde central de Paramar V n'est plus qu'une carcasse dévastée.

Les Space Wolves, à l'effectif fortement réduit depuis le Bûcher de Prospero, tombent dans une embuscade de l'Alpha Legion dans la périlleuse Nébuleuse Alaxxes. Alpharius se téléporte en personne à bord du vaisseau amiral de Leman Russ, mais il est repoussé assez longtemps pour qu'un fort stellaire des Dark Angels se joigne au combat et mette en déroute les forces renégates.

Le contingent d'Imperial Fists de la Flotte de Représailles de Dorn est détourné par des turbulences du warp et tombe dans un guet-apens des félons Iron Warriors. Des dizaines de vaisseaux de ligne succombent à des abordages dans les deux camps. Les Imperial Fists abordent le navire amiral de Perturabo et manquent de peu emporter la victoire quand leur vient l'ordre de rallier Terra.

Les primarques Angron et Lorgar emmènent les Légions des World Eaters et des Word Bearers en croisade d'extermination dans le domaine d'Ultramar, foyer des Ultramarines, en incendiant tous les mondes sur leur route. Guilliman s'oppose à ses frères et interrompt leurs ravages à Nuceria, mais pas avant que d'obscures puissances possèdent Angron et le métamorphosent en avatar démoniaque de la tuerie.

Les Légions des Ultramarines et des Word Bearers répondent à l'ordre de mobilisation à Calth, mais la XVIIᵉ trahit ses frères et les massacre en masse. En dépit de la vaillante défense que Roboute Guilliman improvise, une machination des traîtres entraîne la mort de l'étoile du système et un déferlement de radiations mortelles sur la biosphère planétaire jusque-là luxuriante.

Alimenté par le carnage de Calth et de la Croisade de l'Ombre, un phénomène warp d'ampleur baptisé Tempête de la Ruine inhibe les voyages et les communications à travers l'Imperium, en coupant des régions galactiques entières de la lumière de l'Astronomican. Alors que les traîtres favorisés par le warp peuvent naviguer librement, trois Légions loyalistes sont égarées loin de Terra, et ne peuvent contribuer à la défendre.

Des vaisseaux félons attaquent le Segmentum Solar à la faveur des flottilles de réfugiés, et amènent la guerre au seuil de Terra. L'Alpha Legion parvient à portée de frappe contre le Monde-trône à l'occasion de la Bataille de Pluton, mais Alpharius n'y trouve que la mort de la main de Rogal Dorn. Malgré tout, l'Alpha Legion semble avoir une structure de commandement plus solide que jamais.

Les Dark Angels réagissent à des atrocités signalées sur la Bordure Orientale, et qui s'avèrent l'œuvre des Night Lords. Le conflit vengeur qui s'ensuit dévaste des centaines de territoires impériaux, et prend fin quand Konrad Curze et plusieurs de ses officiers supérieurs sont apparemment captifs du Lion, tandis que leur Légion se fragmente en dizaines de bandes de guerriers indépendantes.

Une forteresse inexpugnable édifiée par les primarques Perturabo et Fulgrim est assaillie en vain par une cohorte de l'Armée Impériale, que les Emperor’s Children sortent pour la massacrer. Les défenseurs regagnent leur forteresse pour la trouver occupée par la Raven Guard, qui retourne promptement son puissant armement défensif contre ses arrogants frères reniés.

Baal, le monde des Blood Angels, se mue en sanctuaire pour les Space Marines qui fuient la rébellion d’Horus. Craignant que les Légions Brisées se réorganisent et entravent ses plans, le Maître de Guerre assiège la planète, bien que chaque tentative de s'emparer de Baal soit déjouée en entraînant de lourdes pertes.

Les Iron Warriors lancent un assaut audacieux contre les ruches orbitales de Vanaheim pour les soustraire au Mechanicum. Les Space Wolves et d'autres forces loyalistes tentent de reprendre les installations, mais malgré une véritable grêle de modules de largage, trois contre-attaques successives échouent à reconquérir les ruches.

Une guerre d'anéantissement éclate entre les mondes-forges cruciaux du Système Anvillus. Étrangement, les seigneurs magi rejettent les offres d'alliance tant des loyalistes que des renégats, et détruisent quiconque tente d'intervenir. Aucun observateur ne peut comprendre l'enjeu pour lequel les factions se battent, ni la cause du conflit.

Convoitant le monde des Imperial Fists, des dizaines de flottes renégates attaquent l’Amas d’Inwit. Le siège se fait plus acharné au cours des quatre années suivantes, après quoi l'assaut du Maître de Guerre sur Terra pousse les renégats à se retirer de l'Amas d'Inwit en ne laissant qu'un chapelet de mondes incendiés.

Les renégats mobilisent sur le monde chevaleresque de Molech une énorme force d'invasion, qui comprend quatre Legios Titaniques. Au moment critique, la Maison Devine révèle son allégeance à Horus, et fait basculer l'affrontement en défaveur des loyalistes impériaux qui tombent dans le déluge de feu des félons.

La Ceinture de Fer, une région d'espace riche en mondes-forges, est la proie de guerres civiles religieuses dont l'objet est la légitimité de l'Empereur en tant qu'Omnimessie. Même l'intervention apocalyptique des Dark Angels ne met pas fin à l'escalade du désastre, et des dizaines de mondes-forges s'entredéchirent longtemps après la fin de l'Hérésie d'Horus.

Une accalmie de la Tempête de la Ruine permet à Rogal Dorn de mobiliser sur Bêta-Garmon de nombreuses forces isolées jusqu'ici, et qui forment alors la plus grande concentration armée loyaliste de la galaxie. Horus se doit de réagir, d'où une confrontation qui entraîne des milliards de morts, des milliers de navires perdus, et le quasi-anéantissement des Collegia Titanica.

Les White Scars et les Emperor’s Children s'affrontent précipitamment le long des dernières voies critiques qui relient Terra au nord de l'Imperium. Les suites de la campagne de Bêta-Garmon font venir sur la planète des forces du Mechanicum Noir et des Sons of Horus, qui pèsent contre les White Scars et pour finir expulsent les loyalistes de Lorin Alpha.

Leur isolement rompu par la fin de la Tempête de la Ruine, les Dark Angels se lancent dans une campagne vengeresse contre tous les fidèles d'Horus. Ils tracent un sillage de mondes noircis dans le sud de l'Imperium, ce qui inclut les mondes respectifs des Légions des Emperor’s Children et de la Death Guard.

Après une tentative d'assassinat malavisée contre le Maître de Guerre Horus, les Space Wolves épars sont pourchassés jusqu'au Système Yarant, où ils s'apprêtent à livrer leur dernier combat. Les nombreux ennemis de Leman Russ amènent sa Légion au seuil de l'extinction, et les Space Wolves ne doivent leur salut qu'à l'intervention surprise de Corvus Corax.

Malgré l'apparent décès de son primarque, l'Alpha Legion enfreint les ordres d'Horus et s'en prend aux loyalistes qui s'approchent de Terra, en particulier les vaisseaux Ultramarines. La flotte de Roboute Guilliman est contrainte à intervenir pour faire cesser les pertes de renforts vitaux, ce qui la retarde et l'empêche d'arriver à temps pour participer au siège de Terra.

Les flottes renégates amassées, commandées par le Maître de Guerre Horus, percent les défenses du Système Sol méticuleusement élaborées par le Primarque Rogal Dorn. Une marée écrasante de vaisseaux submerge la Flotte Solaire et capture Luna pour enfin atteindre l'orbite du Monde-trône.

Au treizième jour de Secundus, le bombardement de Terra commence…